Tot zijn bekendste werken horen Advocaat van de hanen (1990), Het leven uit een dag (1988) en de requiem-roman voor zijn zoon Tonio (2011).
Samen met zijn vrouw Mirjam Rotenstreich verhuisde A.F.Th. van der Heijden een jaar geleden van een groot woonhuis in Amsterdam Oud-Zuid naar een appartement in Buitenveldert. Hij schrijft hier elke dag en is bezig met het redigeren, samenvoegen en voltooien van diverse fictieprojecten waaraan hij de afgelopen twintig jaar was begonnen.
Dat is het levende deel van zijn archief, dat is meeverhuisd. Een groot deel van Van der Heijdens archief betreft echter een afgesloten periode, en daarvoor heeft het museum de ruimte: brieven, dagboeken en vele manuscripten in verschillende versies. Een deel daarvan heeft een omweg gemaakt via Stichting De Tandeloze Tijd, een groep liefhebbers en verzamelaars die zich al tijden bezighoudt met zijn oeuvre en die voor digitalisering heeft zorggedragen.
