De periode 1940-1945 is een bijzondere periode in het leven en werk van Marten Toonder. Hij schreef hierover het boek Vroeger was de aarde plat (1993), het tweede deel van zijn autobiografie. In feite had hij zijn eerste succes te danken aan de Duitse bezetting, die het wegvallen van de Disney-strip ‘Mickey Mouse’ in De Telegraaf als gevolg had. Vóór deze periode was Toonder nog een tamelijk anonieme tekenaar, maar ‘Tom Poes’ verschafte hem snel een groot succes. In de loop van 1941 kreeg hij het alsmaar drukker: er kwamen opdrachten voor boekjes, ansichtkaarten en puzzels. In oktober van dat jaar nam hij daarom Jan Bouman aan als zakelijk medewerker, en op 21 december nam hij Wim Lensen in dienst, zijn eerste creatief medewerker. Deze ging na enige tijd ook aan de ‘Tom Poes’-strip meewerken: hij inktte de achtergronden.
Ook daarna volgden de ontwikkelingen elkaar in hoog tempo op. Nadat Toonder zich in de media had laten ontvallen dat hij de ambitie had om tekenfilms te maken, werd hij uitgenodigd om hiermee te gaan experimenteren bij het filmproductiebedrijf Polygoon. Vervolgens kwam er een samenwerking tot stand met Joop Geesink. De zo ontstane firma Geesink-Toonder-Teekenfilm-Producties maakte animatie- en poppenfilms voor de reclame, en nam in korte tijd veel medewerkers aan. In 1943 gingen zij weer uit elkaar, waarbij ze afspraken dat Geesink zich voortaan zou toeleggen op de poppenfilm, en Toonder op de tekenfilm.
De Kultuurkamer
Kunstenaars konden in de bezettingstijd alleen blijven werken als zij lid werden van de door de Duitsers ingestelde Kultuurkamer, waar Joden uit geweerd werden. Hoewel Toonder later ontkende zich als lid te hebben aangemeld, bevindt zijn inschrijfkaart (alsmede die van zijn vrouw en zijn broer) zich in het archief van het NIOD. Ook op het gebied van films kwamen er beperkingen: filmproductiebedrijven moesten zich scharen onder de paraplu van de nazistische organisatie Nederland Film. Toonder kon hier onderuit komen via een opdracht voor de Duitse (maar niet nazistische) firma Degeto uit Berlijn: het maken van een grote tekenfilm, genaamd Tom Poes und das Geheimnis der Grotte.
Dit leverde bovendien een substantieel inkomen op voor de studio’s en vrijwaring voor alle medewerkers van tewerkstelling in Duitsland, de Arbeitseinsatz.
Het werken voor de ‘foute’ krant De Telegraaf en voor een Duitse firma is Toonder na de oorlog meermalen verweten. Zelf zag hij deze opdrachtgevers als een alibi. Zo kon hij diverse mannen uit de Arbeitseinsatz houden door hen op zijn studio een (niet altijd even serieuze) functie te bieden. Na ‘Dolle Dinsdag’ 5 september 1944 raakt hij bovendien betrokken bij verzetsactiviteiten, vooral via de verzetsman Dick van Veen, een van de overvallers op het distributiekantoor van voedselbonnen in Joure, die bij hem ondergedoken zat.
Vanaf 1 oktober kreeg de SS een groter aandeel in de leiding van De Telegraaf. Voor Toonder was dit aanleiding om te stoppen met ‘Tom Poes’. Hij liet zich via een bevriende arts manisch-depressief verklaren en het verhaal ‘Tom Poes en de chinese waaier’ werd op 21 november 1944 plotseling afgebroken met de mededeling dat Tom Poes ziek was. De dag ervoor waren heer Bommel en Tom Poes juist in een put onder water verdwenen, dus letterlijk ‘ondergedoken’.
Ook op andere manieren raakten Toonder en sommige van zijn tekenaars betrokken bij verzetswerk. Zo vervaardigde hij vervalsingen van bonkaarten, Ausweisen voor de arbeidsinzet, officiële briefhoofden, stempels en handtekeningen. Bovendien werkte hij samen met zijn latere uitgever Geert Lubberhuizen, oprichter van de clandestiene uitgeverij De Bezige Bij.
In 1982 ontving Marten Toonder voor zijn bijdrage aan het verzet het Verzetsherdenkingskruis.