‘Willem Jan Otten is een veelkunner,’ schreef Xandra Schutte in het begeleidend essay. ‘Dichter, toneelschrijver, romanschrijver en essayist – meest van al is Otten toch het laatste. Zijn hoofdfiguren zijn denkers die onvermoeid in zichzelf graven om antwoord te vinden op dingen, waarop geen antwoord bestaat. Tobbers zijn ze soms zelfs. En als de hoofdfiguren niet bespiegelen en beredeneren, dan plaatst Otten ze in situaties waarin ze, zonder dat ze dat zelf kunnen overzien, onmogelijke keuzes moeten maken. Zoals het een goede essayist betaamt, zet Otten telkens hoog in. Zijn werk gaat over zware thema’s als leven en dood, schaamte en schuld, familieverbintenissen en de ontsnapping daaraan door overspel. En dan vooral, zeker in zijn laatste werk, leven en dood.’
Otten wil met zijn werk ervaringen overbrengen, betoogt Schutte. Hij stelt morele dilemma’s aan de orde ‘zonder daarbij in de toon van de ingezonden-stukkenschrijver te vervallen die zijn onomstotelijke antwoord op wat goed is en wat fout op de opiniepagina van de krant geplaatst wil zien. Hij geeft geen antwoorden maar maakt voelbaar.’
Er verschenen drie essayboeken: Denken is een lust, over pornografie, Het museum van licht en De letterpiloot. Daarnaast was Otten van 1989 tot 1996 redacteur van literair tijdschrift Tirade en toneel- en muziekcriticus voor Vrij Nederland.
Otten debuteerde als dichter met Een zwaluw vol zaagsel (1973), een bundel die bekroond werd met de Reina Prinsen Geerligs-prijs. Zijn derde bundel De eend (1975) werd door Anton Korteweg in Het Parool ‘een van de boeiendste en opvallendste bundels van dit jaar’ genoemd. Ik zoek het hier (1980) won de Herman Gorterprijs. Ad Zuiderent schreef in zijn bespreking van Paviljoenen (1991, Jan Campertprijs): ‘Otten is voor alles een denkend dichter, vanaf zijn debuut begin jaren zeventig. Poëzie is voor hem net zo goed verwant aan verstand als aan gevoel.’ Zijn recente bundel Eindaugustuswind werd genomineerd voor de VSB Poëzieprijs 1999. En ook Peter de Boer in Trouw prees in zijn recensie van de bundel vooral de denker: ‘Moeilijke dingen, zoals het onbevattelijke, in lichte, melodieuze taal aan de orde stellen, daar is Willem Jan Otten goed in.’
Met de roman Ons mankeert niets (1994), opvolger van het zeer succesvolle De wijde blik, raakte hij actief betrokken bij het euthanasiedebat. Ook in het toneelstuk De nacht van de pauw was euthanasie – naast zelfmoord en abortus – een thema.
In 1999 verscheen Het wonder van de losse olifanten, ‘een rede tot de ontwikkelden onder de verachters van de christelijke religie’, naar aanleiding van zijn recente bekering tot het katholicisme.