De benoeming van de inmiddels al zestigjarige dichter en dominee geldt als een bijzonder eerbewijs, want vanzelfsprekend is zij allerminst: Beets houdt de vorderingen van de theologische wetenschap nauwelijks bij en is niet zo geïnteresseerd in actuele godgeleerde kwesties. Als hoogleraar stelt hij zich eerder op als een opvoeder van zijn studenten dan als onderzoeker, waardoor zijn colleges volgens P.D. Chantepie de la Saussaye toch ‘een hoogere school van menschenkennis en geestelijke vorming’ zijn. Beets kwijt zich van zijn taak door zijn gehoor het voorbeeld voor te houden van belangrijke historische figuren uit de kerkgeschiedenis, zoals Augustinus en Luther. Dat doet hij in 1875 ook in zijn inaugurele rede getiteld Karakter, karakterschaarschte, karaktervorming, en drie jaar later opnieuw in zijn diesrede Groote mannen en ware grootheid, als hij aan de beurt is om op te treden als rector magnificus. Een strenge examinator is de hoogleraar kerkgeschiedenis niet, aldus Chantepie de la Saussaye:

Een student die vraagt wat voor het doctoraal examen vereist is, adviseert hij om te beginnen met de Bijbel en het eigen hart te raadplegen.

Onder zijn academische collega’s vindt Beets in Utrecht diverse nieuwe vrienden, onder wie de natuurkundige en meteoroloog C.H.D. Buys Ballot, de fysioloog en oogheelkundige F.C. Donders, en de filosoof C.W. Opzoomer, tevens pleitbezorger van de moderne theologie. Collega’s van de universiteit ontmoet Beets in het multidisciplinaire genootschap Arti et Litteris, waar hij als literator ongetwijfeld een centrale rol speelt en in ieder geval tot voorzitter gekozen wordt. Waardering vanuit de academische wereld krijgt hij april 1884 ook als hij vanuit Utrecht afgevaardigd wordt naar Edinburgh, waar de zusteruniversiteit hem een eredoctoraat in de theologie verleent in het kader van haar driehonderdjarig bestaan. Hij behoort er met de diplomaat Ferdinand de Lesseps, initiatiefnemer van het Suezkanaal, en scheikundige en bioloog Louis Pasteur, uitvinder van het pasteurisatieprocedé, tot de buitenlandse eregasten en sprekers. Hij onderscheidt zich door geheel uit het hoofd en in het Engels een luid toegejuichte rede te houden.

Ook verzamelt zich rondom hem en Opzoomer een groepje studenten uit Hongarije, bursalen van het Stipendium Bernardinum, zoals die al sinds de achttiende eeuw theologie komen studeren in Utrecht. Onder hen bevinden zich Géza Antal, Zsigmond Nagy en Károly Szalay, die alle drie werken uit de Nederlandse literatuur en geschiedschrijving gaan vertalen in het Hongaars. Nagy neemt daarbij delen van de Camera obscura voor zijn rekening. In de volgende decennia groeit de kring rond beide professoren uit tot een netwerk van intermediairs in het culturele verkeer tussen Nederland en Hongarije.